Chùa thuộc hệ phái Bắc Tông, hiện tọa lạc tại số 144/63, đường Trần Phú Quận 5, TPHCM, được tín đồ Phật tử thành lập vào năm 1956 từ ngôi miếu Ngũ Hành .
Ngày 29/3/1964, Thượng tọa Thích Quảng Liên lảm lễ đặt viên đá đầu tiên xây cất Niệm Phật Đường Lộc Uyển thuộc khóm 21, phường Chợ Quán.
Ngày 4/6/1973, Hòa thượng Thích Thiện Hòa, Tổng vụ trưởng tổng vụ Kiến Thiết đổi tên là Chùa Vạn Thiện , đây là ngôi chùa thứ 17 được Hòa thượng đặt tên, trụ trì thời gian này là Thượng tọa Thích Pháp Châu.
Năm 1975 đến năm 1978, chùa được sự quản lý của phật từ Nguyễn văn Ứng, PD Minh Lương là Chánh đại diện khóm 2, p. Chợ Quán.
Ngày 27/4/1978, Ni sư Thích Nữ Như Lợi được văn phòng chùa Ấn Quang bổ nhiệm về làm trụ trì, trãi qua thời gian, với sự phát triển chung, nhận thấy không gian chật hẹp không đủ điều kiện để Ni chúng tu học và thập phương hành lễ nên Ni sư đã vận động Phật tử xây dựng lại vào năm 1991 và khánh thành vào ngày 01-02-1993.
Đặc biệt, chùa thành lập Ban Từ thiện Xã hội, đón nhận cúng dường, đóng góp và chia sẻ tịnh tài tịnh vật của những đạo hữu, thiện tín hằng tâm, hằng sản để phân phát đến cho những người, những nơi gặp khó khăn, hoạn nạn do thiên tai, bão lũ trên khắp mọi miền đất nước theo tinh thần từ bi của đạo Phật.
( trích từ tài liệu chùa Vạn Thiện )
